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新疆医科大学研究生教育始于1978年，是全国首批硕士授权单位。1986年被国务院学位委员会批准为博士学位授予单位，内科学（心血管）授权点成为自治区首个博士学位授权点。1996年被批准为同等学力人员申请硕士学位授权单位，1998年被批准为首批临床医学硕士专业学位试点单位，2005年被批准为临床医学博士专业学位授权单位，2015年获批中医博士专业学位授权点。